小兒病毒性肝炎患者總的預後較成人為好，主要是由於小兒肝臟的血流量相對較成人為多，肝細胞的再生能力強。但是，慢性活動性肝炎患兒易發展成肝硬化，母嬰傳播所致之乙肝帶原者陽性轉陰比較困難，常為持續性陽性。
小兒肝炎時，由於扺抗力低下及消化道功能降低，極容易合併呼吸道感染，如咽炎，氣管炎，扁桃腺炎和腸道感染。恢復期部份病例併發脂肪肝和繼發性肥胖。有的患兒會併發再生障礙性貧血、溶血、腎炎。
但兒童期如得不到系統治療，以後一生就會在肝炎病毒所控制下羅患各種不同系統的疾患。所以，兒童期中慢性肝炎有關的疾病和症狀如久治不愈，慎記進一步檢查有否慢性肝炎的可能，並應接受中藥治療以便取得臨床治愈，終止病程發展。